เอนไซม์ที่ใช้ในการย่อยอาหาร มีหลายชนิดซึ่งจะย่อยอาหารเฉพาะอย่าง เช่นลิเพสย่อยอาหารพวกไขมัน โปรตีนเอสย่อยอาหารพวกโปรตีน� มอลเทศย่อยอาหารพวกแห้ง เป็นต้น