C.1 NCBI-BLAST Matrices and Gap Costs

Matrix	G	E	l	K	H
BLOSUM62	32767	32767	0.318	0.134	0.401
	11	2	0.297	0.082	0.27
	10	2	0.291	0.075	0.23
	12	1	0.283	0.059	0.19
	9	2	0.279	0.058	0.19
	8	2	0.264	0.045	0.15
	11	1	0.267	0.041	0.14
	10	1	0.243	0.024	0.10
	7	2	0.239	0.027	0.10
	6	2	0.201	0.012	0.061
	9	1	0.206	0.010	0.052
BLOSUM80	32767	32767	0.343	0.177	0.657
	25	2	0.342	0.17	0.66
	13	2	0.336	0.15	0.57
	9	2	0.319	0.11	0.42
	11	1	0.314	0.095	0.35
	8	2	0.308	0.090	0.35
	10	1	0.299	0.071	0.27
	7	2	0.293	0.070	0.27
	9	1	0.279	0.048	0.20
	6	2	0.268	0.045	0.19
BLOSUM90	32767	32767	0.335	0.190	0.755
	9	2	0.310	0.12	0.46
	11	1	0.302	0.093	0.39
	8	2	0.300	0.099	0.39
	7	2	0.283	0.072	0.30
	10	1	0.290	0.075	0.28
	6	2	0.259	0.048	0.22
	9	1	0.265	0.044	0.20
BLOSUM50	32767	32767	0.232	0.112	0.336
	16	2	0.215	0.066	0.20
	13	3	0.212	0.063	0.19
	19	1	0.212	0.57	0.18
	15	2	0.210	0.058	0.17
	12	3	0.206	0.055	0.17
	18	1	0.207	0.050	0.15
	14	2	0.202	0.045	0.14
	11	3	0.197	0.042	0.14
	17	1	0.198	0.037	0.12
	13	2	0.193	0.035	0.12
	10	3	0.186	0.031	0.11
	16	1	0.186	0.025	0.10
	12	2	0.181	0.025	0.095
	9	3	0.172	0.022	0.082
	15	1	0.171	0.015	0.063
BLOSUM45	32767	32767	0.229	0.092	0.251
	13	3	0.207	0.049	0.14
	16	2	0.210	0.051	0.14
	15	2	0.203	0.041	0.12
	19	1	0.205	0.040	0.11
	12	3	0.199	0.039	0.11
	18	1	0.198	0.032	0.10
	14	2	0.195	0.032	0.10
	11	3	0.190	0.031	0.095
	13	2	0.185	0.024	0.084
	17	1	0.189	0.024	0.078
	10	3	0.179	0.023	0.075
	16	1	0.176	0.016	0.063
	12	2	0.171	0.016	0.061
PAM250	32767	32767	0.218	0.0877	0.287
	15	3	0.205	0.049	0.13
	17	2	0.204	0.047	0.12
	14	3	0.200	0.043	0.12
	21	1	0.204	0.045	0.11
	16	2	0.198	0.038	0.11
	20	1	0.199	0.037	0.10
	13	3	0.194	0.036	0.10
	15	2	0.191	0.031	0.087
	12	3	0.186	0.029	0.085
	19	1	0.192	0.029	0.083
	14	2	0.182	0.024	0.073
	18	1	0.183	0.021	0.070
	11	3	0.174	0.020	0.070
	13	2	0.171	0.017	0.059
	17	1	0.171	0.014	0.052
PAM30	32767	32767	0.336	0.277	1.82
	10	1	0.309	0.15	0.88
	7	2	0.305	0.15	0.87
	6	2	0.287	0.11	0.68
	9	1	0.294	0.11	0.61
	5	2	0.264	0.079	0.45
	8	1	0.270	0.072	0.40
PAM70	32767	32767	0.328	0.222	1.11
	8	2	0.301	0.12	0.54
	11	1	0.305	0.12	0.52
	7	2	0.286	0.093	0.43
	10	1	0.291	0.91	0.41
	6	2	0.264	0.064	0.29
	9	1	0.270	0.060	0.28